Aceasta noua poveste prezinta eforturile eroice ale agentiei Crypto-zoologica Monarch in timp ce membrii acesteia se confrunta cu o serie de monstrii de dimensiuni gigantice printre care se numara si maretul Godzilla, care intra in coliziune cu alti monstri precum Mothra, Rodan si chiar cel mai mare inamic al sau, King Ghidorah, monstrul cu trei capete. In momentul in care aceste trei super specii de animale gigantice, despre care se credea ca nu sunt nimic altceva decat niste simple mituri, ies din nou la suprafata, ele se vor confrunta pentru a detine suprematia pe planeta, iar existenta speciei umane atarna de un fir de ata.